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口袋妖怪火红中，琥珀（神秘琥珀/旧琥珀）在尼比市（深灰市）科学博物馆右侧侧屋获取，需用居合斩砍树进入，与研究员对话即可得到。
尼比市是游戏早期的岩系道馆所在地，科学博物馆位于城市北侧，建筑外观醒目易识别。博物馆正门右侧有一棵可砍伐的小树，挡住了通往侧屋的入口，必须让宝可梦学会居合斩（HM01）并获得灰色徽章（居合斩场外使用权限）后，才能砍树进入侧屋。侧屋内部空间不大，仅有一名研究员NPC，与其对话后，他会提及琥珀中含有宝可梦DNA，并直接赠送神秘琥珀，该道具存入关键物品背包，不可遗失或售卖。
获取琥珀的核心前置条件是居合斩技能与对应徽章，玩家可在打完尼比市道馆后，前往2号道路或枯叶市码头附近获取居合斩秘籍，再培养一只可学习居合斩的宝可梦（如波波、小拉达等常见野生宝可梦），完成准备后返回尼比市砍树取琥珀，流程高效无额外战斗要求。早期拿到琥珀无需立即使用，可暂存背包，避免占用队伍空位，待后期解锁红莲岛区域后再处理。
神秘琥珀的核心用途是复活化石翼龙，这只远古岩+飞行系宝可梦强度可观，是队伍中优质的输出与飞行交通工具。玩家推进剧情至中后期，解锁冲浪术后，可从真新镇或浅红市下水，沿21号航路抵达红莲岛，岛上宝可梦研究所内有化石复活研究员。进入研究所最右侧房间，将琥珀交给研究员，离开研究所再重新进入，即可领取复活后的化石翼龙，注意领取时队伍必须留有空位，否则无法成功接收。
除琥珀外，游戏内还有月见山的菊石兽化石与化石盔化石，同样可在红莲岛研究所复活，集齐三只化石宝可梦可完善队伍属性搭配。化石翼龙凭借高速度与高物攻，搭配岩崩、地震、飞空等技能，既能用于对战输出，也能作为地图飞行宝可梦，大幅提升探索效率，是通关与二周目探索的实用战力。
